Lançada em agosto de 1995, a canção foi o segundo single do CD HIStory e foi escrita por R. Kelly. Michael quis cantar a música que respondia seus problemas na vida pessoal. Na época, o Rei do Pop convivia com as acusações de pedofilia que começaram em 1993.

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Ao mesmo tempo, o artista acabava de se casar com Lisa Marie Presley, relação que sempre foi contestada pela mídia. O clipe mostra Michael cantando só em um teatro e com a esposa, ambos seminus. Foi um dos poucos vídeos em que o cantor não aparece executando seus inigualáveis passos de dança. Confira:

Comercialmente o valor da música é pouco conhecido. You Are Not Alone foi a primeira a estrear em primeiro lugar na lista da Billboard. Boatos indicam que foi por volta dessa época que Michael se viciou em remédios para conviver com o estresse que as acusações trouxeram.

Kelly teve a idéia para a letra após perder entes queridos. A parceria se repetiria nas canções Cry e One More Chance. Vale lembrar também que o vídeo começa com um Michael abatido diante de milhares de papparazzis. A letra fala sobre um relacionamento em que um dos dois não parece "estar ali", mas terá sempre o conforto do outro. Confira:

You Are Not Alone

Another day has gone
I'm still all alone
How could this be
You're not here with me
You never said goodbye
Someone tell me why
Did you have to go
And leave my world so cold

Everyday I sit and ask myself
How did love slip away
Something whispers in my ear and says
That you are not alone
For I am here with you
Though you're far away
I am here to stay

But you are not alone
For I am here with you
Though we're far apart
You're always in my heart
But you are not alone

'Lone, 'lone
Why, 'lone

Just the other night
I thought I heard you cry
Asking me to come
And hold you in my arms
I can hear your prayers
Your burdens I will bear
But first I need your hand
Then forever can begin

Everyday I sit and ask myself
How did love slip away
Something whispers in my ear and says
That you are not alone
For I am here with you
Though you're far away
I am here to stay

For you are not alone
For I am here with you
Though we're far apart
You're always in my heart
For you are not alone

Whisper three words and I'll come runnin'
And girl you know that I'll be there
I'll be there

You are not alone
For I am here with you
Though you're far away
I am here to stay
For you are not alone
For I am here with you
Though we're far apart
You're always in my heart

For you are not alone
For I am here with you
Though you're far away
I am here to stay

For you are not alone
For I am here with you
Though we're far apart
You're always in my heart

For you are not alone...

Curiosamente, You Are Not Alone foi banida da Bélgica. O motivo? Em 2007, uma corte da justiça decidiu que a canção de Kelly era um plágio de If We Can Start All Over dos gêmeos Eddy and Danny Van Passel. A decisão só é válida no país.